Tommaso nacque a Roccasecca fra il 1221 e il 1227, da una famiglia di piccoli feudatari imperiali, i d’Aquino di Roccasecca e di Montesangiovanni.
Si calcola approssimativamente la data di nascita di Tommaso a partire da quella della sua morte. Il suo primo biografo ci fa sapere che è morto nella mattinata del 7 marzo 1274 al quarantanovesimo anno di età . Ciò potrebbe significare che Tommaso aveva superato i 48 anni, ma non ne aveva ancora compiuto 49; tuttavia il medesimo autore aggiunge subito: “Compiendo il quarantanovesimo anno della sua vita, egli cominciava nel cinquantesimo il giubileo della gloria eterna”. La sua nascita si situerebbe dunque nel 1225. Bernardo Gui, che scrive alcuni anni più tardi, assicura ugualmente che Tommaso è morto quando aveva compiuto i suoi 49 anni ed entrava nel cinquantesimo anno . In un testo di poco anteriore, Tolomeo di Lucca si fa eco di un’incertezza: “Egli è morto all’età di 50 anni, ma alcuni dicono 48” .
L’invasione di Federico II in Italia, col violento riaccendersi del conflitto tra Papato e Impero, costrinse Tommaso ad abbandonare nel 1239 l’abbazia benedettina, fu allora che i suoi parenti decisero di mandarlo all’Università di Napoli per proseguire gli studi. E’ molto probabile che al suo arrivo a Napoli, Tommaso abitò almeno per qualche tempo presso il monastero di San Demetrio, punto di riferimento dei cassinesi in quella città. Tanto più che i suoi genitori non dovevano aver ancora rinunciato ai loro progetti su di lui .
Tommaso poté dunque iscriversi presso il nuovo Studium generale di Napoli, nell’autunno del 1239. Fondato nel 1224 da Federico II nella prospettiva di formare degli uomini per il servizio imperiale, esso era anche destinato a fare opposizione all’Università di Bologna e i sudditi dell’imperatore non erano autorizzati a studiare altrove .
Al suo arrivo doveva cominciare con lo studio delle arti e della filosofia, passaggio obbligato prima di affrontare la teologia. Al servizio di Federico II, tra l’altro, passò a partire dal settembre del 1220 Michele Scoto, che già a Toledo aveva tradotto dall’arabo molti libri naturales di Aristotele, tra i quali il De coelo e il De anima, nonché la Metafisica. In parte è grazie alle traduzioni dall’arabo e dal greco fatte da lui e dalla scuola, che la Sicilia e l’Italia del sud conobbero all’epoca un’intensa vita culturale: la scienza aristotelica, l’astronomia araba e la medicina greca erano fiorenti a Palermo, Salerno e Napoli.
Tommaso poté familiarizzarsi molto presto, quindi, con la filosofia naturale di Aristotele e la sua metafisica, in un’epoca in cui il loro studio era ancora ufficialmente vietato a Parigi. Ufficialmente soltanto, però, poiché la ripetizione dei divieti mostra che essi non erano molto rispettati; lo studio di Aristotele, proprio come quello di Averroè, era lì fiorente già verso il 1230.
Il Tocco ci ha tramandato il nome di due maestri che sarebbero stati quelli di Tommaso: Maestro Martino , che gli avrebbe insegnato la grammatica e la logica, e Maestro Pietro d’Irlanda, che gli avrebbe insegnato i naturalia. Si è spesso detto che gli scritti di Pietro d’Irlanda testimoniano una grande ammirazione per Averroè ed è da lui che Tommaso avrebbe ereditato il gusto per il commento letterale di Aristotele. In realtà, il ruolo del commento letterale di Aristotele in Pietro è debole e la prima affermazione risulta del tutto infondata. Fin dalle prime linee del suo commento sul Peryermenias, egli si mostra completamente al corrente dell’errore “averroista” e lo denuncia in termini chiari come “sofistico”.
Siccome questa interpretazione di Averroè non si diffonde molto se non a partire dal 1252, è poco probabile che con esso, noi disponiamo del corso seguito dal giovane Tommaso tra il 1240 e il 1244, e poiché si notano parecchi punti d’incontro, tra i quali alcuni molto rilevanti, fra il suo testo e quello di Pietro, ci si può domandare se egli non abbia mai utilizzato i suoi appunti di un corso di Pietro, anteriore alla denuncia di Averroè. Allo stato attuale, tuttavia, si deve dire che non si sa nulla di preciso su questi anni di studio a Napoli.
Fu proprio a Napoli che Tommaso conobbe l’Ordine dei Frati Predicatori , fondato recentemente da San Domenico. Un convento vi era stato fondato nel 1231 e Giordano di Sassonia, il successore di San Domenico, vi aveva predicato nel 1236 in presenza degli studenti. Nel 1239 vi si trovavano solo due religiosi, che Federico II aveva autorizzato a rimanere per il servizio nella loro chiesa, sebbene egli avesse espulso i religiosi mendicanti dal regno.
Uno di loro era Giovanni di San Giuliano , che fu all’origine della vocazione di Tommaso e lo sostenne con le sue visite durante la detenzione. L’altro era il priore Tommaso da Lentini, personaggio molto conosciuto per altre ragioni, poiché divenne vescovo di Betlemme, legato al Papa e patriarca di Gerusalemme, e che per noi resta colui che impose l’abito a Tommaso . Questo evento ebbe luogo verosimilmente nell’aprile del 1244, o leggermente prima di tale anno, così come il seguito degli avvenimenti permette di stabilire .
L’entrata di Tommaso nell’ordine dei “Frati Predicatori”, comprometteva definitivamente i piani dei genitori circa il suo futuro ufficio di abate a Montecassino, e pertanto decisa fu la reazione della madre e dei fratelli (il padre era già morto),che non si arresero di fronte al fatto compiuto. I frati di Napoli, avendo già vissuto un’esperienza incresciosa, si affrettarono a fargli lasciare la città, così quando la madre Teodora andò a Napoli per cercare di dissuaderlo, arrivò troppo tardi.
Le ricerche proseguirono a Roma, ma anche qui si rivelarono vane poiché Tommaso era già partito per Bologna, dove si teneva il capitolo generale dell’ordine, previsto per la festa di Pentecoste, il 22 maggio 1244. Teodora inviò un veloce corriere ai suoi figli, che guerreggiavano in compagnia di Federico II, nella regione di Aquapendente a nord-ovest di Orvieto, affinché intercettassero il loro fratello e glielo riconducessero . Fu così che la piccola truppa, composta dal fratello Rinaldo e da Pier delle Vigne, riuscì a intercettare il gruppo di novizi, guidato dal maestro generale dell’Ordine, Giovanni il Teutonico, e a condurre Tommaso, con la forza, al castello di Roccasecca. Qui cercarono di dissuaderlo in ogni modo dal suo proposito, ma non vi riuscirono e dopo alcuni mesi Tommaso tornò in convento a Napoli.